所謂系統目錄就是指操作系統的主要文件存放的目錄，目錄中的文件直接影響到系統是否正常工作，了解這些目錄的功能，相信對你更好的使用系統會有很大的幫助。以下介紹的目錄若不做特殊說明，在Win 98/ME系統下，它們在Windows目錄中，在Win 2000系統下，他們在Win NT目錄中。 All Users文件夾: Win 98/ME所有用戶文件夾，里面里面包括系統缺省登錄時的桌面文件和開始菜單的內容。 Win 2000在Win 2000的系統目錄中沒有這個文件夾，Win 2000將用戶的信息放在根目錄下的Documents and Settings文件夾中，每個用戶對應一個目錄，包括開始菜單、桌面、收藏夾、我的文檔等等。 Application Data文件夾: Win 98/ME應用程序數據文件夾。包括任務欄中的快捷方式，輸入法的一些文件等等。根據你系統中使用不同的軟件，該目錄中的內容也有所不同。 Win 2000在Documents and Settings文件夾中，每個用戶都對應一個Application Data文件夾，同樣每個用戶由于使用的軟件不同，目錄內容也相同。 Applog文件夾: Win 98/ME應用程序邏輯文件目錄。邏輯文件是用來記錄應用軟件在運行時，需要調用的文件、使用的地址等信息的文件。要查看這些文件，用記事本打開即可。 Catroot文件夾: Win 98計算機啟動測試信息目錄，目錄中包括的文件大多是關于計算機啟動時檢測的硬軟件信息。 Win ME該文件夾位于系統目錄的system目錄中。 Win 2000該文件夾位于系統目錄的system32目錄中。 Command文件夾: Win 98/ME Dos命令目錄。包括很多DOS下的外部命令，雖說都是些小工具，但真的很好用，特別是對于系統崩潰時。 Win 2000這些DOS命令位于系統目錄的system32目錄中。 Config文件夾:　　 Win 98/ME/2000配置文件夾，目錄中包括一些MIDI樂器的定義文件。 CookIEs文件夾:　　 Win 98/ME Cookies又叫小甜餅，是你在瀏覽某些網站時，留在你硬盤上的一些資料，包括用戶名、用戶資料、網址等等。 Win 2000每個用戶都有一個Cookies文件夾，位于Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中。 Cursors文件夾: Win 98/ME/2000鼠標動畫文件夾。目錄中包括鼠標在不同狀態下的動畫文件。 Desktop文件夾: Win 98/ME桌面文件夾。包括桌面上的一些圖標。 Win 2000這個文件夾在系統目錄中也存在，同時在Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中還有'桌面'文件夾。 　　Downloaded Program Files文件夾:　　 Win 98/ME/2000下載文件文件夾。該文件夾包含顯示已打開的Web頁所需的文件，其中大部分文件是用來運行Web頁面上的動畫。 Drwatson文件夾:　　 Win 98/ME/2000華生醫生文件夾。本來華生醫生可以在系統發生錯誤時拍下系統快照，但這個目錄只有一個超文本文件。 Favorites文件夾: Win 98/ME收藏夾文件夾。如果需要重新安裝系統，請備份這個目錄，這樣可以保留收藏夾中的內容。 Win200每個用戶都有一個Favorites文件夾，位于Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中。 Fonts文件夾: Win 98/ME/2000字體文件夾。在這個目錄中可以添加刪除字體文件，也可以刪除一些不必要的文件而減少系統占用硬盤的空間。 Help文件夾: Win 98/ME/2000幫助文件的文件夾，Windows有個好處就是有詳細的幫助文件，這個目錄里面就包括很多幫助文件，遇到問題多看看幫助文件，對你會有很大的幫助。 History文件夾: Win 98/ME歷史文件夾。IE瀏覽器有一個功能可以自己記錄用戶瀏覽過的網址，這個目錄就是用來存放這些網址的。 Win 2000每個用戶的歷史文件都是相互獨立的。位于Documents and Settings 文件夾的每個用戶目錄中Local Settings目錄里面。